Evet bahsedilen mysql bağlantı komutları php kodları içerisine yazılır.
Öncelikle host , kullanıcı adı , veritabanı ve şifre deklarasyonları yapılır.

$host='localhost';
$database='database';
$user='user';
$pass='pass';
$connect=mysql_connect($host,$user,$pass) or die('Connection Error');
?>

Sonrasında veritabanı deklare edilir ve o veritabanına girilen kullanıcı adı şifre ve host ile bağlanılır.

$dbselect = mysql_select_db($database,$connect) or die('Couldn't access to database');
?>

Sonrasında ise belli komutları veritabanındaki sütun isimlerine göre seçim yapılır.


$command ="SELECT user FROM threads WHERE visible=1 ORDER BY threadid DESC LIMIT 10";