Merhaba,
sadece hosting'inizdeki disk kapasitesi biraz dolacaktır. :) Sitenizin yavaşlaması temanızın kodlamasıyla alakalı bir durum olabilir bunun dışında bir yavaşlama olmayacaktır.

Makalelerinizi/verilerinizi aynı veritabanından çekerseniz iki tema için farklı veritabanları kullanmaya gerek yok. (Kısaca amelelik olurdu. :) )

Mobil veya masaüstü temanıza ayar çekerek tek bir yerden veri çekimini (makale içerik,başlık gibi...) sağlayabilirsiniz.

Sizin düşüncenize uygun bir örnek göstereyim. Twitter. Uzun zamandır mobilde farklı bir tasarım ve masaüstünde farklı bir tasarım kullandı. Şimdi ise mobildeki tasarımı masaüstüne getirerek adına yeni tasarım(!) demekte. Kısaca google açısından bir sıkıntı olmayacaktır fakat kullanıcılarınızın veya müşterilerinizin kafasını karıştıracak şekilde bir tema koymanız onların "bu site de nereden çıktı" gibi düşüncelere yönelmesine yol açabilir.

Kolay gelsin.