Dosyaları ftp ye atarken doğru şekilde atıp atmadığınıza dikkat etmeniz lazım. Application klasöründeki public klasörünün içerisindeki dosyaları hostinginizde public_html (www) klasörünün içerisine atmanız gerekiyor. Geri kalan dosyalarıda public_html in içine değil public_html ile aynı dizine atmanız gerekiyor. Sonrasında server.php içerisinde "public/" ve "public/index.php" olan yeri kendinize göre düzenlemeniz lazım.
Ayrıca public içerisindeki .htaccess dosyasınıda atığınıza emin olun bilgisayarınız mac yada linux ise gizli dosyadır es geçmş olabilirsiniz.