en üstte şu kod ile session başlat:
session_start();

daha sonra giriş sayfasında $_SESSION['ne'] = time(); işlemini yap.

Her sayfada çalışan bir dosya varsa örn header.php onun içerisine şunu yaz:
$test = time() - $_SESSION['ne']
if($test >= 180){
echo "uyarı";
}