Multi sitede farklı tema kullanabilirsin. Aynı veritabanına bağlanır fakat içerik tamamen bağımsızdır. Tabloları farklı yerden çeker.

O zaman farklı dosyalar olarak kuracaksın. Subdomain daha mantıklı. Sitenin kategorileri farklıysa subdomain daha uygun olur. SEO için subdomain.

Herşeyi normal site gibi yapacaksın, search console vb.