Search console tarafında sitenizi silip 1-2 gün sonra tekrar eklerseniz indexler silinmiş olur. Shell için direkt olarak önemli dosyaların var ise onları yedek al direkt database sil tekrar yükle. Sıfırdan sunucu kurulumu yaparsan daha iyi olur zaten hosting firmasının sunucusu zarar görmüş oluyor ki ilgilenmeleri lazım sizinle.