Önce mysql sunucusunu stop komutu ile durdurmak gerekiyor. Sonrasında /var/lib/mysql klasörüne yedek dosyaları atacaksınız. En son ise alttaki komut ile dosya izinlerini ayarlamanız gerekiyor.

chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql

Tekrar mysql’u çalıştırıp kontrol etmek gerekebilir. Ayrıca mysql_upgrade komutuyla sorunlu yerler kaldıysa görebilirsiniz. Genellikle soruna sebep olan şey dosya izinleri oluyor. En azından benim Ubuntu’da yaşadığım deneyim bu şekilde. Sizin sorununuz da muhtemelen dosya izinlerinden kaynaklanıyor.