Çözümün basit hatta 2. vtye gerek bile yok. Ama yinede lazım dersen A vtdaki şifreleme türünü b’ye uyarla. Md5 ise md5 yap ancak b veritabanını kullanan siteden giriş yaptırırken veriyi çekip sorgulama esnasında kullanıcıdan gelen şifre verisini md5 ile şifrelemeyi unutma.

Benim önerdiğim çözüme gelirsek:
Eğer iki sitede farklı domainlerlerdeyse uzak mysql kullan.
Bu şekilde tek vt kullanabilirsin.
Sadece A vt işini görecektir.
Bu sayede Apiye gerek kalmadan sorununu çözersin.

Yapıyorsan da pdo ile yap hız ve güvenlik için.