Dosya izinlerinde problem yok gördüğüm kadarı ile. Mysql kullanıcısınıda değiştireceğim birazdan dediğiniz gibi.Shell olsaydı tahminimce siteme direk index atarlardı şifre değiştirmekle uğraşmazlardı
aynısını bende dün yaşadım tüm sitelerimi hacklemeye çalıştı lamerin biri.Wp-admin'e girerken şifre denetimini arttırın.