Dosya izinlerinde problem yok gördüğüm kadarı ile. Mysql kullanıcısınıda değiştireceğim birazdan dediğiniz gibi.Shell olsaydı tahminimce siteme direk index atarlardı şifre değiştirmekle uğraşmazlardı
shell ile illlada index yemek zorunda değilsin. bazıları sunucuyu geçemiyorlar, ama mysql şifreni biliyorlarsa mysql bağlantısı yapabiliyorlar. o şekil değiştirmiş olabilirler. yinede sen tüm önlemleri al.