Hocam bu şekilde kodlara ortadan bakınca pek bir şey anlaşılmıyor ama şu kısımda siz sepetin her seferinde sıfırıncı anahtarına elle veri giriyorsunuz, bence sorunun kaynağı burası

$_SESSION["sepet"][0] = $ekle;

Ben olsam bu şekil yapardım , tam çalışır mı emin olamadım ama elle değer vermezdim

$_SESSION['sepet']['urun_id'] = [
"urun_id" => $_GET["id"],
"urun_isim" => $_POST["isim"],
"urun_fiyat" => $_POST["fiyat"],
"urun_miktar" => $_POST["miktar"]
]

veya


$_SESSION['sepet'][] = [
"urun_id" => $_GET["id"],
"urun_isim" => $_POST["isim"],
"urun_fiyat" => $_POST["fiyat"],
"urun_miktar" => $_POST["miktar"]
]


edit: Gerçi şu an fark ettim o kısım eğer sepet yoksa yapılan işlemler ama sepet varsa bile bu şekilde yaparsanız mantıklı olur bence.