Sanırım bot yapmaya çalışıyosun. Programlar senin uygulamanın içinde mi çalışacak yoksa normal Process.start verip minimize yapmak mı istiyorsun? Pek anlamam ama yardımcı olmak için biraz araştırma yaptım ve bunu buldum. Kendi formun içinden çalıştırıp minimize atabilirsin belki. Burada sadece harici uygulamalar form içinde nasıl çalıştırılır onu anlatmış. Form içinde çalıştırıp minimize atabilirsin belki.

Burayı da incele , bu senin isteğine daha yakın

Edit : Bir de kod buldum

Dim p As ProcessStartInfo = New ProcessStartInfo("Mugen.exe") With {.WindowStyle = ProcessWindowStyle.Minimized}
Process.Start(p)