Autoit hangi programa Sendkey gönderecek onu bulamıyor bence. sen MsgBox yapınca program açık ve seçili olduğu için sendkey gönderiyor. mesela notepad simge durumunda ctrl+c yapınca içeriği kopyalamaz açık olduğunda kopyalar. ne demek istediğimiz anladınız umarım.
Programı aktif eden kod ne bilmiyorum ama aşağıdaki linkler işinize yarayabilir.
https://www.youtube.com/watch?v=Qq0LKBPUOwA
https://www.autoitscript.com/autoit3/docs/functions/WinActive.htm
https://www.autoitscript.com/autoit3/docs/functions/WinActivate.htm