Php ya da asp ile backend kısmını, js ve css ile frontend kısmını kodlamanız gerekiyor. Yönetim paneli, sitenin işlevleri backend yani php ya da asp ile yazılabilir. Css ya da js ile görsel özellikleri yani görüntüyü oluşturursunuz buna da frontend geliştiricilik deniliyor.

Js ve jquery temelde aynıdır. Jquery javascript içerisinde kullanılan bir kütüphanedir. Bunu bootstrap olarak düşünebilirsiniz. Css içinde kullanılan bir kütüphanedir bootstrap. Temel css bilmeden bootstrap kullanma şansınız yoktur mesela. Aynı şekilde js bilmeden de jquery kullanamazsınız. Aslında buna şöyle diyebiliriz; jquery javascriptin basitleştirilmiş halidir. Aynı şekilde bootstrapta css in basitleştirilmiş halidir.

Bir site geliştirmek için ilk başta temel html ve temel css bilmeniz gerekiyor. Daha sonra tercihen php öğrenip kendi sitenizi oluşturmaya başlayabilirsiniz. Javascript şu durumda en son öğrenilmesi gereken dil olarak düşünüyorum.