Kestrel sunucusu ve Nginx sunucusunun beraber çalıştığını unutmuşum. Kestrel tarafında hala eski uygulama koştuğundan eski sürüm görünüyormuş.

Uygulama veya Nginx taraflı herhangi bir cache sorunu yokmuş yani.

ASP.NET Core web uygulamasını "dotnet /path/...dll" komutu ile tekrar yayına aldığıma yeni sürüm sorunsuz yayınlandı :)