Code First yapısıyla çalışıyorsan tablonu kodla tanımlaman lazım.
DB first ile çalışıyorsan dediğin gibi var olan tabloları edmx üzerinden güncellemen gerek.

Code first yapısıyla dediğin şekilde olmaz olsada uğratırır.

Entitiy Migration konusu araştır bence yada DB first yapısına geç.

İngilizcen varsa aşağıdan bir bakabilirsin.

https://www.entityframeworktutorial.net/code-first/code-based-migration-in-code-first.aspx