Bu tabloları wizard ile otomatik olarak değil de class'ları manuel oluştursanız hem olayı daha iyi kavrarsınız hemde projenizde gereksiz kalabalık olmaz.
Son sorununuz ile ilgili eklediğiniz son tabloyu db context class'ınıza eklediniz mi? Orada tabloları property olarak eklemeniz gerekiyordu sanırım.