Adobe After Effects'de Transparent çalışmak mümkün mü?

Evet mümkün.

Fakat eğer çok karmaşık veya akıcı bir hareket istemiyorsan, ki gifler genelde basit animasyonlardan oluşmalıdır (boyuttan dolayı) o zaman Photoshop ile çözebilirsin.

Her hareketi bir vectör olarak Photoshopda animations paneline atıp zamanlamanı ayarlarsan maskotun hareket kazanmış olur.