Arkadaşlar çok kolay bir yöntem buldum. Eğer bu tarz bir olay başınıza gelirse ve onlarca sitenizde aynı sorunlar oluşursa yapmanız gerekenler;

Cpanel'e giriş yapıp wordpress kurulumu mevcut domainleri listeleyin. Daha sonrasında domain isimlerinin yanındaki wordpress sürümünü yükselt butonuna basın. Bu sayede hem sürüm yükseltilecek hemde yükseltilirken hacklenen dosyalar değiştirileceği için basit bir adımla sorunu çözmüş olacaksınız.