$username =$_POST["username"]; //username adlı inputtan kullanıcı adını aldık.
$pass =$_POST["pass"]; //pass adlı inputtan şifreyi aldık.
$query = $vt->query("SELECT * FROM uyeler WHERE username='$username' && password='$pass'",PDO::FETCH_ASSOC); //Kullanıcı adı ve şifreyi sorguladık.
if($query->rowCount() > 0){ //Eşleşen kayıt 0'dan fazlaysa işleme devam ediyoruz.
session_start(); //Session başlattık.
$_SESSION['userid'] = $query['id']; //id adlı sütundan kullanıcının ID'sini aldık ve bu değişkene atadık.
}
//Giriş sonrası kullanım:
$_SESSION['userid']; //Bize kullanıcının ID'sini verecektir.
Gözden kaçırdığım yer olabilir denemedim.