htaccess'ı nerede çeviriyorsunuz. Search console sonraki olay sunucu ile bir alakas yok. Normalde sürekli yaptığım bir işlem hiç bir sorun çıkmaması lazım. .htaccess yaptığınız değişikliği gönderirseniz yardım edebilirim.
Not olarak : Bu arada aklıma takıldı 2 sitede aynı ip demi ip olarak mı .htaccess işlem yapıyorsunuz.