Performansa bir etkisi olacağını sanmıyorum eğer prosedürel programlama yapıyorsanız dediğiniz gibi bağlantıyı bir php dosyasında yazıp gerektiğinde oradan alın eğer oop programlama yapıyorsanız gereken yerlerde DI ile kullanın. Temiz ve sürdürülebilir kod için wordpress fonksiyonlarını kullanmanızı tavsiye ederim.