/var/log/mysql-error.log kaydını detaylı bir şekilde incelemek gerek.
Öncelikle veritabanı yada veritabanlarının yedeğini alın.

lsof -i:3306

komutunu çalıştırın.

kill -9 Buraya process numarasını yazın.

Örnek : kill -9 34245 gibi.

Process numarasını öğrenmek için;

ps aux | grep mysql

Sonra mysql servisini yeniden başlatın.

service mysql restart