PHP ile include ettiğiniz dosyalar üzerinde çalıştığınız sayfada yer kaplar. Sayfayı tarayıcıda açtığınızda dosyanın include edildiği alanda derlenmiş içeriği görünür. Eğer bunun görünmesini istemiyorsanız Jquery'deki hide fonksiyonu benzeri sayfa içindeki belirlenen içeriği gizleyebilecek bir fonksiyon kullanabilirsiniz. Daha önce PHP dosyalarında Jquery kullanmadığım için kesin olur diyemiyorum.