Kesinlikle büyük veri değildir.

Çözüm için yapılacak listeyi yazmıştım.

1 - Mevcut bir DB'ni export, import edip, tüm tablolara discriminator eklemen.

import ettikten sonra (oracle syntax yazıyorum) ;
alter table_name add discriminator varchar2(50 char);
alter table_name add deleted numner(1) default 0;

2 - php ile yazıyorsun sanırım cron/scheduler job kullanmak gerek.
Örnek bir kütüphane : https://github.com/lavary/crunz

3 - Bu kütüphane ile her saat başı çalışacak bir process yazacaksın.

Her saat başı Cron expression : 0 0 0/1 1/1 * ? *

Ref for cron expression : http://www.cronmaker.com/

Yada Kütüphanedeki kod olarak aynı kullanım : her saat 'in 10. dakikasında çalış gibi

00:10
01:10
02:10

gibi.

// ...
$task = $schedule->run(PHP_BINARY . 'collect-data-from-distributed-dbs-to-common-db.php');
$task
->hourlyAt('10');
// ...

Buradaki işi yapmayı kolaylaştırmak için common db'de bir tane tablo oluşturup, 10 tane veri tabanının bilgilerini tutun.

//oracle syntax'ıdır. siz mysql syntax ile yazarsınız.

create table dist_city_dbs {
city_name varchar2(50 char) not null unique,
db_conn_info varchar(255 char) not null
}

Örnek -> 'ANKARA', 'server=217.10.12.231;uid=ankara_db;pwd=ank_123_db12e;database=ankara'

collect-data-from-distributed-dbs-to-common-db.php -> dosyası içerisinde db lere bağlanıp, veri çekip, ortam db ye yazma işi yapacaksınız.

//pseudo kod

//select city_name, db_conn_info from dist_city_dbs order by city_name asc -> dist_city_dbs tablosundaki veriyi çekin
//tablodan gelen veriyi loop içerisinde dönün.
loop içinde sırasıyla;
- common db'deki verir çekilecek tabloya update işlemi yapılır.
update common-db.table_name set deleted = 0 where discriminator = city_name;
- db_conn_info değeri ile uzaktaki "ANKARA" şehri DB'sine bağlan
- select * from table_name order by ID asc; //ID değeri string ise create_date asc gibi bir alan kullanın
- uzaktaki şehir db bağlantısını kapat
- gelen veriyi common-db'deki aynı tabloya insert edilecek. discriminator değer olarak city_name set edilmeli.
- common-db bağlantısını kapat


Tüm işlem bu kadar.. Bu hali ile de geliştirilecek ve hataya açık bir yönü var.
Ama ilk adımı atın sonrası zaten hata ile karşılaşıldıkça çözülür.