Öncelikle kuyaslaması yapılan şey yanlış, PHP bir yazılım dilidir Word Press ise PHP ile yazılmış bir Scriptdir, kıyaslama tuhaf olur, ancak asıl sormak istediğiniz şeyi anladığımız için cevaplayabiliyoruz.

1- Maalesef öyle, wp nin açıklarını internetten aratıp bulabiliyor insanlar ve hiç bilmeseler bile saldırı yapabiliyorlar.
2 -wp aslında yetersiz kalmaz, yeterki wp nin yapısında kodlamayı bilin aslında temel olarak oldukça başarılıdır bir çok şey hazırdır içerisinde eklenti vb ile dahi bir çok sorunu çözebilirsiniz.
3- HTML CSS ikilisini bildiğiniz sürece WP yada kendi yazılımınız durumu değiştirmez, bir çok insana adam gibi yazılım bilmediği hatta ne yaptığını bilmediği halde WP ile bir çok güzel proje çıkartabiliyor, her ikiside aynı düzeyde geliştirilebilir ancak, birinde sadece WP nin isteklerini bilmeniz yeterli iken Kendi yaptığınızda aslında daha güzel gelişirsiniz ve sınırları daha kolay zorlayabilirsiniz, limitiniz siz olursunuz WP değil.
4- SEO mimarisi aslında oldukça kolay bir mimaridir gözünüzde bu kadar büyütmeyin, belirli 3-5 kriteri var ki aslında bunlar bir sitenin olmazsa olmazları. Title mi keywordmü yoksa h1-h2 gibi başlık etiketi kullanmadan sitenizde yazımı yazmayı düşünüyorsunuz ?
5- Çoklu dil desteği eklentileri var.
6- Ben bu konnuda kendi hayal gücüm ve bilgim ile sınırlı olmayı seviyorum, her ikisinide aktif olarak kullandığım için size hangisi kolay ve rahat geliyor ise onunla sitenizi yapın derim, Tavsiyem, codeigniter, laravel gibi bir framework ile çalışmanız yönünde olur, daha esnek davranabilirsiniz hiç olmayan bir şeyi oturup kendiniz kolayca yazabilirsiniz.

Yerine göre WP de bir eklenti ile 30 sn de çözebileceği bir konuyu kendin belki 2 günde çözersin ama WP de asla çözemeyeceğin veya siteni belli kriterlere göre düzenlemek için bir noktada para harcamanın dahi yetersiz olabileceğini görürsün. Senin aklına bir şey gelir ama o klenti yoktur veya WP ye entegre etme konusunda zorlanır ve sonundada vaz geçersin ama PHP ile kendin yaptığın zaman herhangi bir sınırın yoktur. Dökümantasyon olarak PHP daha kullanışlıdır örnekler hazır kod blokları vb.. WP den daha yaygın ve çoktur.