Merhaba,
Hosting firmanız cpanel üzerinden tüm siteleri yönetmenizi sağlıyor olabilir. . Bu durumda dosyalara baktığınızda eğer doğru ayarladıysanız kök klasör üzerinde ikinci web sitenizin dosyalarını göreceksiniz.
Hosting firmasının paneli üzerinden bir domain girdiyseniz kök klasörde ayrı olarak görünecektir. Hata olması halinde birinci domainin dosyaları ile karışabilir.