Manuel güncelleme her zaman için en iyisidir, eklenti ve tema kurulumda da aynı şekilde.
Otomatik güncellemeler her zaman olmasa da bazı sunucularda sorunlara yol açabiliyor, panel kaybolabiliyor yada site açılamaz hale gelebiliyor. Hem işim sağlam olsun diye, hem de temp, kullanılmayan gereksiz dosyalarla sunucu şişmesin diye her zaman manuel güncellemeyi tercih ederim. Kullanılamayan birkaç kilobayt büyüklüğündeki dosyalar 5-6 güncellemeden sonra gözle görülebilir bir fazlalık yaratacaktır. Fakat FTP aktarımı biraz yavaş olduğundan dolayı acelem de varsa cPanel File Manager ile yeni sürümün zip paketini yükleyip sunucuda açtırıyorum, biraz daha hızlanıyor işler.

Manuel olarak güncellesem de sunucunun üst dizininde her zaman bir MySQL yedeğim hazır durur, yedeksiz yapılan iş, iş değildir :)

En sağlıklı yol FTP, biraz zaman harcarsın ama sonunda sağlıklı bir şekilde çalışan WordPress'in olur.
Kolay gelsin :)