Dediğinizi anlamadım ama zaten kodlar functions.php dosyasında olacağı için bu dosyanın temizlenmesi temanın çalışmamasına neden olur. (bazı durumlar hariç)
simdi anlatmak istedigin yeni bir functions.php dosyasi olusturup kodlari eklemek.
kisacasi functions.php dosya olarak sifreli degil mi..?
yani soruyorum cunku wp konusunda bir bilgim yok bu da ispati sgk-ssk.com :D