Tagları arasına eklemelisin. Yani şunun gibi olmalı:


<script>
$(document).ready( function() {
var m_yukseklik = $(window).height();
var b_yukseklik = $("body").height();
if ( m_yukseklik > b_yukseklik ) {
$("#alt").addClass('sabitalt');
}
});
</script>


CSS dosyanın (style.css) sonuna da şunu eklemelisin:
.sabitalt {position:absolute;bottom:0;z-index:9999;}
#alt id'sini footer divinin adı ile değiştirmeyi unutma.