.htaccess dosyasını değiştirdiğinizde chmod ayarlarını 555 yapın birde öyle bakın değişecek mi değişmeyecek mi. Eğer değişmez ise mutlaka kullandığınız bir script veya eklenti htaccess dosyasını siliyordur(ki bu chmod ayarları silmesine veya üzerine yazılmasına izin vermez). Eğer ki yine siliniyor ise mutlaka FTP erişimi sağlıyor birisi ve siliyor.( Büyük ihtimal eklenti veya script siliyordur. error_log kayıtlarındada görebilirsiniz.)