Çok daha kısa bir yol anlatayım:

+Tüm site yedeğini alıp bilgisayarında bir klasöre taşı.
+Virüs olduğunu tahmin ettiğin bir dosyadan iframe kodunu bulup kopyala( index.php, header.php, footer.php)
+Advanced Find And Replace adlı programı bulup yükle.
+Programda Replace kısmına bulduğun iframe kodunu yapıştır. Yeni Değer kısmına bir boşluk bırak ve Start tuşuna bas.
Program hmtl,php,asp,css,xml,js destekliyor. Tek tek değiştirmek yerine bu şekilde toplu olarak düzeltebilirsin.