Subdomainleri çok rahatlıkla ve sıkıntı yaşamadan kullanıyorum. Hocam heral de yanlış anlamaysam siz subdomain in dizininin yerini mi bulamıyorsunuz eğer öyle ise...
FTP den bağlanıldığında domains > subdomainadi.siteadı.com > httpdocs

Adımları ile sitenizi kurabilirsiniz.