Siz shell yiyorsunuz ve wordpress kullanıyorsunuz. Wordpress hiçbir açığı bulunmayan bir sistemdir. Ancak yüklediğiniz eklentilerde veya temada açık var ise shell atılabilir. %95 ihtimalle hostcunuzdan kaynaklanan bir sorun serverda bulunan başka bir siteden tüm sitelere shell atılıyor. Bence sql yedeğinizi alın, hostunuzu değiştirin, wpyi ve eklentileri sıfırdan kurun sqlinizi import edip sadece uploads klasöründeki resimlerinizi yükleyin. Atılan shell ile hangi php dosyanıza ne eklendiğini bilmeniz oldukça güç en temizi sıfırdan kurulum.