style dosyandaki #main-nav ul li:hover ul içerisine z-index: 9999; ekle. Menü li'sinin altında kalıyor.

Ek Olarak: #main-nav ul li {
padding: 11px 10px;
}

bununla değiştirip


#main-nav ul li a {
color: white;
font: 700 14px/16px 'Open Sans Condensed', sans-serif;
text-decoration: none;
text-transform: uppercase;
}

Böyle yaparsan tek sıra halinde gözükür. Font boyutu ve aradaki iç boşlukları düşürdüm.