Yerel sunucu kurulu olmadan PHP dosyalar normal çalışıyor mu?
Ya localde çalışır ya sunucuda. Onun dışında internet olmadan veya masaüstüne açtığınız bir klasörden site açılır mı ki? :)
CD'ye atana kadar bir flash belleğe atın.
cPanel'den full backup alın yedeğiniz flashta dursun, her yedek aldığınızda da flashtan güncellersiniz.
(Eğer amacınız site yedeği ise)