Arama motorları açısından fark olacağını zannetmiyorum fakat bıraktığı intiba açısından bariz var. Mesela org domain'ler vakıflar, dernekler, gönüllülüğe dayalı projeler gibi kâr amacı gütmeyen organizasyonlar için daha ideal. ".org" da zaten organization'ın kısaltması.

Eğer siteni ilerde tutulur ve sağlam gelir elde ederim mantığıyla kuruyorsan ".com" domain dışında düşünme bile. Yarın bir gün şirketleştiğini ve org domain kullandığını düşün, yorumu sana bırakıyorum.