Ben bahsettiğiniz sistemi local'de denedim ve başarıya ulaştım.
Bir ana site, iki de alt domain'e kurulu toplam 3 (daha fazla da olabilir) sitenin kullanıcı tablolarını birleştirdim, birine üye olunduğunda hepsine üye olunmuş oluyor, birine giriş yapıldığında hepsinde işlem yapılabiliyor.

http://www.yakuphoca.com/wamp-serverda-sanal-site-olusturma/
adresinde bahsettiğim yöntemle, localhost'ta nasal bir site adresi ve subdomain'ler oluşturdum, ardından da netten bulduğum birçok bilgiyi birleştirip, bahsettiğiniz olayı gerçekleştirip, denedim. Bahsettiğiniz olay mümkün.

Bunu yapmak için normalde sıfırdan kurulum yapmak lazım, ancak sadece ana site varsa, subdomain'ler sonradan kurulacaksa yine olabilirliği var.

Bu konu ile ilgili sitemde yarın akşama kadar bir yazı yayınlamayı düşünüyorum. Beklerseniz kendiniz de bahsettiğiniz sistemi gerçekleştirebilirsiniz.