O kadar çok kod var ki incelemekle bitmez, probleminizin sebebi büyük ihtimalle float:left; uygulaması sonucunda diğer yorum için clearfix uygulaması yapmamanız, clear:both; ile akışı normale döndürmemeniz. Nette clearfix yöntemini araştırın.

functions.php dosyasındaki kodda da kapatılmayan bir li gördüm sanki. Tavsiyem öncelikle yorum bölümünün html kaynak kodunu inceleyip, kapatılmayan bir etiket var mı kontrol edin.