notepad++ ile bu sorunu yaşadığını tahmin ediyorum, öyle ise;

dosyayı notepadd ile aç, ctrl+a ile tüm içeriği seçip kopyala, sonra sil...sildikten sonra kodlamayı iso-8859-9 yap ve kopyaladığın içeriğini yapıştır, dosyayı kaydet kapat...sorun çözülecektir.