Cpanel kullanıyorsanız, tam yedek almanızı öneririm. Ayriyetten ftp aracılığı ile public_html'in yedeğinide alırsanız taşımada bir sıkıntı yaşayacağınızı sanmıyorum. Daha sonra yedekleri tekrar yüklersiniz Cpanel'den. Phpmyadmin'de 1-2 değişiklik yapmanız gerekecektir tabi.