Eğer çok fazla veri var ise bu nedenle silmede sorun yaşıyor olabilirsiniz hocam MySQL üzerinden silmeyi deneyin diyeceğim ama bu kez de kaş yapayım derken göz çıkarabilirsiniz. Bence buradan güvenilir insanlardan yardım alabilirsiniz tek kişi yerine bir kaç kişi silme işlemi yaparsa daha kısa sürer diye düşünüyorum, güvendiğiniz kişilere admin yetkisi verin 100'er 100'er silme işlemi yapabilirsiniz böylece. Bir elin nesi var iki elin sesi var derler.
Bu arada tüm girdileri sildikten sonra veritabanı optimizasyon çalışması yapmayı unutmayın