İlk olarak js ile yapıyorsan body onload ile bir fonksiyon çağıracaksın. Ardından o fonksiyonunda o lightbox'un açılması için gereken js kodlarını gireceksin.
Bunun hemen ardından php ile bir cookie değeri gireceksin kullanıcıya. Ve her girişinde o cookie değerini kontrol edeceksin. Eğer cookie var ise kişi önceden onu görmüş demektir. Javascript fonksiyonunu devre dışı bırakacaksın.

PHP'sini yazayım hemen:

//eğer kişi görmedi ise
if(!$_COOKIE["gosterildi"]){
//cookie atayalım kişiye, süresi de bir günlük olsun.
setcookie("gosterildi",TRUE,time() + 86400);
?>
Günde sadece bir kez gösterilmesi gereken kodlar buraya
}
?>

Bu kodu javascript fonksiyon kodlarının olduğu yere yazıp "Günde sadece bir kez gösterilmesi gereken kodlar buraya" kısmına gerekli js kodlarını yazabilirsin, veyahut sadece body onload kısmını bu şekilde kontrol de edebilirsin. Kodları test etmedim, mhutemelen çalışacak, çalışmaz ise belirt ya ben ya da başka bir arkadaş düzeltir ama mantık bu yani.