İndexlerde bir sıkıntı olmaz. Fakat örnek veriyorum Google'da siteniz, "domain.com" diye indexlenmiş herhangi bir siteden link alımı yaptığınızda "www.domain.com" diye link alımı yaparsanız Google bunu görmez. Webmaster Tools'a, google'da siteniz nasıl indexlenmiş ise öyle kayıt ettirin.
Sitem dediğiniz gibi "domain.com" diye indexli bugün o şekilde ekledim wmtools'a, www.domain.com siliyim mi kalsın mı şimdilik?