İndexlerde bir sıkıntı olmaz. Fakat örnek veriyorum Google'da siteniz, "domain.com" diye indexlenmiş herhangi bir siteden link alımı yaptığınızda "http://www.domain.com" diye link alımı yaparsanız Google bunu görmez. Webmaster Tools'a, google'da siteniz nasıl indexlenmiş ise öyle kayıt ettirin.
Sitem dediğiniz gibi "domain.com" diye indexli bugün o şekilde ekledim wmtools'a, www.domain.com siliyim mi kalsın mı şimdilik?