hayır bir etkisi olmaz. Ama googleda indexlenmiş bir yazının kategorisini değiştirirsen mesela a kategorisinden alıp b kategorisine attığın zaman url değişikliği olduğu için seo açısından kötü olurdu.

Alt kategori zarar yerine yararlıdır. Sebebi kategoriyi güçlendirmiş olursun ve etiket görevi görür.