1- Silebilirsiniz, zarar görmez. Silinen içeriklere, 403 hatası döndürebilirsiniz. Robots.txt üzerinden, "Disallow: /zararli-makalem.html" yapabilirsiniz...

2- Sitenin zarar görmesi demek aslında spam kategorisine girmesi demektir. Google Webmaster Tools üzerinden "dizin durumu, güvenlik sorunları" gibi alanlara bakın. Özellikle "manuel işlemler" sayfasına bakın. Sitenizde hiç hata görülmüş mü? Kontrol ederek başlayın.

3- Bu sorunun cevabı sizde. Emek verilirse tabi ki yükselir.
Fakat teknik anlamda başka hatalar ve spam uygulamalar var.
Mesela sitenizde "" kodu var. Amacı nedir? Gizli div içine h2 vermişsiniz... Gerçekten bu yüzden bile indexten silinebilirsiniz.
"" Burada da yazım hatası var kısmen. Sitenin html5 olduğunu declare etmişsiniz fakat tedavülden kalkmış bir meta tag kullanmışsınız.
wmaraci seo analiz, gtmetrix gibi araçları kullanıp bunları düzeltmekte fayda var.