Anlaşılan o ki bir çok şey değiştirmişsin sanırım bazı konularda bilgin olmadığı için ETag, LastModifie Time ve Microsoft-IIS/6.0 ile bir çok şeyin doğru orantıda olmadığını göremedin.

ETag senin sten için uygun bir araç değil sadece siteyi optimize edip belli şeylerde iyileştiricem diye siteyi mahvetmişsin

1. Kısım: ETag'ı kaldır
2. Kısım: Mümkünse IIS7 kullan yada başka bir hosta geç
3. Kısım: LastModifie time ı kaldır.
4. Kısım: Cache Private'i kaldır
5. Kısım: Ya public cache ayarlarını yap yada hiç cache kullanma arkaplanda.
6. Kısım: Bütün bunların yanı sıra htaccess üzerinde yaptığın ne varsa herşeyi kaldır, yada web.conf dosyası içerisinde. IIS olduğuna göre sunucun muhtemelen web.conf dosyası kullanıyorsun ISAPI yüklüyse bunları yapabilirsin doğru kullanımı yaptığında siten düzelicektir.