urun.php?id=1 ile urun/1 ve urun.php/1 arasında hiç ama hiçbir fark yok.
SEF linklerin amacı adında da açıkça belli olduğu gibi "Arama Dostu Bağlantılardır"

urun/{id}-urun-basligi gibi bir adres yapısı SEF linke girer. Diğerlerinin hiç ama hiçbir anlamı yok. Belki daha güzel görünebilir ama gereksiz.