InnoDB performans açısından daha iyidir, tabi projenize ve imkanlarınıza göre MyISAM da kullanabilirsiniz. Büyük çaplı bişeyse ve ikisi arasında kaldıysanız, InnoDB daha iyidir.
innodb'yi sectim. cunku kurdugum script myisam'da sorunlar cikariyo asp hosting alsaydim keske:)