Allah razı olsun kardeşim. Lakin bana şu anda teselli ve çözüm daha ziyade lazım.
DirectAdmin paneli default olarak kurulduysa seo linkleri ve mod_rewrite desteklemektedir. Eğer nginx ile derlenmiş ise direk olarak seo linkleri çalıştırmayacaktır çalıştırması için htaccess dosyanızde ve server üzerinde bulunan site dosyalarında özel değişiklik yapmanız gerekir
Hali hazırda apache'ye geçmenizi öneririm daha hızlı bir çözüme ulaşırsınız.
Ek Olarak:
Direct admin panelle başınıza bela almışsınız diyebilirim size üzmek istemem ama gerçekten öyle kolay gelsin..
Bence tam tersi DirectAdmin birçok panelden iyidir hatta cPanel'den daha stabil çalıştığını ve sorunsuz bir şekilde devam ettiğini size temenni ederim. Grafik ve kullanım yönünden cPanel kadar iyi olmayabilir fakat cPanelde olan çoğu özellik directadmin'de mevcuttur alışan ve kullanan biri artık cPaneli aramayacaktır